Saliendo de la última gran Guerra del Tiempo como su único superviviente, el Noveno Doctor se pasó la mayor parte de su vida apenado por todo el sufrimiento que presenció. Le inquietaba el hecho de ser el último de los Señores del Tiempo, habiendo dejado el conflicto con el conocimiento del papel que tomó en la aparentemente horripilante conclusión.
Aislado de la especie de los Señores del Tiempo, el Doctor se halló solo y desconsolado. Encontrándose atormentado por la guerra a nivel emocional, entró en un período oscuro de su vida lleno de resentimiento en el que solía ser duro con aquellos que lo perturbasen. A pesar de esto, permaneció siendo amigable hacia las personas que le agradaban, reafirmándose lentamente como el Doctor y dejando atrás su personalidad de la guerra.
Rose Tyler fue su acompañante más constante, aunque durante el intento de la familia Slitheen de destruir la Tierra, obtuvo una aliada temporal al conocer a Harriet Jones. Esta crisis también dio inicio a una relación amor/odio entre el Doctor y la madre de Rose, Jackie, así como con el ex-novio de Rose, Mickey Smith.
El Doctor tuvo una sola aventura con Adam Mitchell, uno de los empleados de Henry van Statten, a petición de Rose, pero lo expulsó de la TARDIS cuando Adam estuvo a punto de causar una alteración dramática en la historia humana. Adam posteriormente regresó para vengarse del Doctor por haberlo echado de la TARDIS, pero se redimió como acompañante al sacrificarse para derrotar al Amo.
Cuando se estaba acercando al final de su vida, a él y a Rose se les unió el capitán Jack Harkness en los viajes.
El noveno Doctor se regeneró después de absorber la energía del vórtice temporal que había otorgado a Rose los poderes de la entidad Lobo Malo, sacrificándose para salvarla.
El Panteón de la Discordia 